由于毛发基质复杂、药物浓度低等因素,毛发验毒在法庭毒物分析中具有挑战性。毛发验毒过程包括了取样、去污、水解、提取和仪器分析等多个环节,实验室采用不同的毛发处理方法和分析方法,导致在分析结果上也存在差异。

缺少准确浓度的毛发控制样品是毛发验毒领域的难题。分析结果的准确性和可靠性依赖于质量控制和校正方法，在进行方法有效性验证时应采用相同基质的质控样品，以消除偏倚，增强准确性。实验室的质量控制也应采用相同基质的控制样品，以考察实验室内部的精密度和实验室间的一致性。

无论是浸泡法还是磨粉法制备头发控制样品，都无法对头发中滥用药物分析的整个过程进行质量控制。头发的最外部为毛表皮，由无核的鳞状角化细胞呈叠瓦状而成，不同的人发质不同，有的为多孔性，有的为少孔性。即使同一人的头发之间，多孔性也存在差异。毒物容易进入多孔性的头发，同时,也容易被清洗、释放出。已有的酸水解实验结果表明，同一头发样品不同时间取样，结果存在较大差异。换言之，剪碎浸泡水解的方法不会造成假阴性结果，但可能使定量结果不准确。目前不能确定头发的多孔性是影响此差异的主要因素，但是采用研磨粉碎处理头发样品，可以消除由多孔性引起的误差。另一方面，剪碎后酸水解方法有其相对优势，简便实用，头发基质干扰少，为很多实验室所接受，而采用头发粉末样品则无法考察酸水解方法的释放程度和稳定性等因素。

可能影响萃取的分析参数有：粒度、萃取时间、能量温度/振动/超声、溶剂种类、溶剂体积和萃取步骤的频率。通过粉碎头发来减小颗粒大小，已被证明可以显著提高乙基葡萄糖醛酸苷和各种滥用药物的提取率。

毒物可通过多种途径进人毛发，从应用的角度看，最主要的途径为血液循环，学者也期望以此来推断用药时间。但实际上，其他入体途径同时存在，导致毛干中的毒物带不如理论上仅有血液循环途径的清晰。毒物进入毛发的速率与黑色素亲和力、亲脂性密切相关，碱性药物更容易进入毛发。

毛发验毒的应用越来越广泛，在进行头发分析的结果解释时应考虑头发颜色、头发生长速度、药物进入毛发的机制、药物在毛干中的保留、稳定性等因素，结合毛发验毒的去污处理、清洗标准、cut-off值、原药与代谢物的比率等多原则进行综合判断。毒物进入毛发的机制也仍需不断深化研究，以寻找区分主动吸食与被动污染的有效方法。