因为毛发基质杂乱、药物浓度低等要素,毛发验毒在法庭毒物分析中具有挑战性。毛发验毒进程包含了取样、去污、水解、提取和仪器分析等多个环节,实验室选用不同的毛发处理方法和分析方法,导致在分析效果上也存在差异。
短少精确浓度的毛发控制样品是毛发验毒领域的难题。分析效果的精确性和可靠性依赖于质量控制和校正方法，在进行方法有用性验证时应选用相同基质的质控样品，以消除偏倚，增强精确性。实验室的质量控制也应选用相同基质的控制样品，以查询实验室内部的精密度和实验室间的一致性。
无论是浸泡法还是磨粉法制备头发控制样品，都无法对头发中乱用药物分析的整个进程进行质量控制。头发的最外部为毛表皮，由无核的鳞状角化细胞呈叠瓦状而成，不同的人发质不同，有的为多孔性，有的为少孔性。即便同一人的头发之间，多孔性也存在差异。毒物简略进入多孔性的头发，一同,也简略被清洗、释放出。已有的酸水解实验效果表明，同一头发样品不一同刻取样，效果存在较大差异。换言之，剪碎浸泡水解的方法不会形成假阴性效果，但或许使定量效果不精确。目前不能确定头发的多孔性是影响此差异的主要要素，但是选用研磨破坏处理头发样品，可以消除由多孔性引起的差错。另一方面，剪碎后酸水解方法有其相对优势，简便实用，头发基质搅扰少，为许多实验室所承受，而选用头发粉末样品则无法查询酸水解方法的释放程度和稳定性等要素。
或许影响萃取的分析参数有：粒度、萃取时间、能量温度/振荡/超声、溶剂种类、溶剂体积和萃取进程的频率。经过破坏头发来减小颗粒巨细，已被证明可以明显进步乙基葡萄糖醛酸苷和各种乱用药物的提取率。
毒物可经过多种途径进人毛发，从使用的视点看，最主要的途径为血液循环，学者也期望以此来揣度用药时间。但实际上，其他入体途径一同存在，导致毛干中的毒物带不如理论上仅有血液循环途径的清晰。毒物进入毛发的速率与黑色素亲和力、亲脂性密切相关，碱性药物更简略进入毛发。
毛发验毒的使用越来越广泛，在进行头发分析的效果解释时应考虑头发色彩、头发生长速度、药物进入毛发的机制、药物在毛干中的保存、稳定性等要素，结合毛发验毒的去污处理、清洗规范、cut-off值、原药与代谢物的比率等多准则进行概括判别。毒物进入毛发的机制也仍需不断深化研讨，以寻找区别自动啃咬与被动污染的有用方法。