血型这种检测方法的缺点则是只能按照遗传规律为亲子关系做否定认定（即非亲生子女）而不能作出肯定认定（即断定某人是某人的后代）。因为若一对夫妇的血型都是B型，那么他们的孩子就不可能是A型与AB型血型；一对都是A型血的夫妇，他们的亲生孩子就不可能是B型与AB型血型。
同样道理，AB型、A型、B型血的子女绝不可能是两个全是O型血父母的亲生孩子；也就是说，只要证明子女为非O型血，那么那对O型血夫妇绝不是他们生物学意义上的父母。因为O型遗传基因是这对夫妇共有的血型遗传基因，那么他们的亲生孩子也只能携带O型基因，所以他们的孩子只能是O型血。
但是，对于血型与父母血型遗传基因一样的子女，ABO血型系统检测亲子关系却不能绝对断定他们就是该夫妇的亲生子女。一个血型为O型孩子的父母肯定也是O型血，但这样的孩子不一定是父方（O血型）的亲生子女。因为某些具有A（基因为AO）型血或B型血（基因为BO）的男子和任何O型血男子都可能与O型血的女子生出O型血子女。这就是ABO血型鉴定亲生子女方法的缺点。所以，现在的ABO血型亲子检测结果也只能作参考而已，并不是百分百准确。各位一定要认清这点常识。
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