因为毛发基质复杂、药物浓度低等要素,毛发验毒在法庭毒物剖析中具有挑战性。毛发验毒过程包含了取样、去污、水解、提取和仪器剖析等多个环节,实验室选用不同的毛发处理办法和剖析办法,导致在剖析成果上也存在差异。
缺少精确浓度的毛发操控样品是毛发验毒范畴的难题。剖析成果的精确性和可靠性依赖于质量操控和校正办法，在进行办法有用性验证时应选用相同基质的质控样品，以消除偏倚，增强精确性。实验室的质量操控也应选用相同基质的操控样品，以调查实验室内部的精密度和实验室间的一致性。
无论是浸泡法还是磨粉法制备头发操控样品，都无法对头发中滥用药物剖析的整个过程进行质量操控。头发的最外部为毛表皮，由无核的鳞状角化细胞呈叠瓦状而成，不同的人发质不同，有的为多孔性，有的为少孔性。即便同一人的头发之间，多孔性也存在差异。毒物简单进入多孔性的头发，一起,也简单被清洗、释放出。已有的酸水解实验成果表明，同一头发样品不一起刻取样，成果存在较大差异。换言之，剪碎浸泡水解的办法不会形成假阴性成果，但可能使定量成果不精确。目前不能确定头发的多孔性是影响此差异的主要要素，但是选用研磨粉碎处理头发样品，能够消除由多孔性引起的误差。另一方面，剪碎后酸水解办法有其相对优势，简便实用，头发基质干扰少，为许多实验室所承受，而选用头发粉末样品则无法调查酸水解办法的释放程度和稳定性等要素。
可能影响萃取的剖析参数有：粒度、萃取时刻、能量温度/振动/超声、溶剂种类、溶剂体积和萃取过程的频率。通过粉碎头发来减小颗粒巨细，已被证明能够显著提高乙基葡萄糖醛酸苷和各种滥用药物的提取率。
毒物可通过多种途径进人毛发，从应用的角度看，最主要的途径为血液循环，学者也希望以此来揣度用药时刻。但实际上，其他入体途径一起存在，导致毛干中的毒物带不如理论上仅有血液循环途径的清晰。毒物进入毛发的速率与黑色素亲和力、亲脂性密切相关，碱性药物更简单进入毛发。
毛发验毒的应用越来越广泛，在进行头发剖析的成果解释时应考虑头发色彩、头发生长速度、药物进入毛发的机制、药物在毛干中的保存、稳定性等要素，结合毛发验毒的去污处理、清洗规范、cut-off值、原药与代谢物的比率等多原则进行归纳判断。毒物进入毛发的机制也仍需不断深化研究，以寻觅区分主动吸食与被动污染的有用办法。